Adapun tujuan pemberian otonomi daerah adalah sebagai berikut:
- Peningkatan pelayanan publik yang semakin baik.
- Pengembangan kehidupan demokrasi.
- Peradilan nasional.
- Wilayah yang adil.
- Pemeliharaan hubungan yang harmonis antara pusat dan daerah serta antar daerah dalam integritas urutan Republik.
- Mendorong pemberdayaan masyarakat.
- Foster inisiatif dan kreativitas, peningkatan partisipasi masyarakat, mengembangkan peran dan fungsi Dewan Perwakilan Daerah.
Secara konseptual, Indonesia didasarkan pada tujuan tiga utama yang meliputi: tujuan politik, tujuan administratif dan tujuan ekonomi. Hal ini diwujudkan melalui tujuan politik dalam pelaksanaan otonomi daerah adalah upaya untuk mewujudkan demokratisasi politik melalui partai politik dan Dewan Perwakilan Daerah.
Perwujudan tujuan administratif yang ingin dicapai melalui pelaksanaan otonomi daerah adalah tugas fungsional antara pemerintah pusat dan daerah, termasuk sumber daya keuangan, serta pembaharuan birokrasi dalam pengelolaan pemerintah daerah. Sedangkan tujuan ekonomi yang ingin dicapai dalam pelaksanaan otonomi daerah di Indonesia adalah realisasi dari peningkatan indeks pembangunan manusia sebagai indikator peningkatan kesejahteraan masyarakat Indonesia.
