Beberapa spesies menghasilkan zat yang secara sederhana adalah istilah terkait dengan racun bagi makhluk hidup disekitarnya. Racun ini ada yang dikeluarkan dari sel, dan oleh karena itulah racun ini disebut eksotoksin. Adapula racun yang tidak dikeluarkan, akan tetapi tetap terimpan didalam sel. Racun yang demikian disebut endotoksin. Endotoksin tidak berbahaya selama masih ada didalam sel bakteri.
Eksotoksin mudah dipisahkan dari bakteri dengan jalan penyaringan. Eksotoksin yang mengganggu kesehatan manusia dihasilkan oleh bakteri dipteri, bakteri tetanus, bakteri botulinum. Toksin botulinum tipe A secara sederhana adalah istilah terkait dengan eksotoksin yang pertama kali dapat dikristalkan. Toksin ini terdapat pada makanan yang basi. Orang akan mati, jika makanan yang mengandung toksin tersebut termakan lebih dari 0,0024 miligram.
Kebanyak eksotoksin mudah terurai dengan perebusan atau penyinaran yang kuat. Eksotoksin tidak terlalu berbahaya jika tertelan, tetapi akan berkibat fatal bahkan akan menimbulkan kematian jika masuk kedalam peredaran darah.
Beberapa percobaan menunjukan bahwa eksotoksin yang disuntikan pada hewan akan menimbulkan zat antitoksin didalam tubuh hewan tersebut, antitoksin ini tidak membunuh bakteri tetapi hanya menetralisir racunnya saja. Inilah prinsip pengobatan dengan serum (serum theraphy).
Endotoksin sukar sekali untuk diselidiki, dan sampai beberapa tahun lalu belum ditemukan cara untuk memisahkan bakteri tersebut. Kalau kita lewatkan suatu suspensi bakteri melalui saringan halus, maka cairan yang lewat itu tidak mengandung toksin, akan pada bakteri yang sudah mati terdapat toksin. Dari kejadian tersebut maka dapat ditarik kesimpulan bahwa toksin awalnya terkurung didalam sel bakteri.
Akhir-akhir ini paraa ilmuwan telah berhasil memecahkan sel-sel bakteri secara mekanis; dengan demikian terlepaslah inti bakteri dari sel, dan endotoksin terlepas dari sel