– Bakteri bertanggung jawab untuk proses dekomposisi pada akhir rantai makanan dan jaring makanan; dalam proses ini, mereka juga membebaskan gas utile dan nutrisi untuk makhluk hidup lainnya. Bakteri yang hidup di dalam tabung pencernaan ruminansia dan beberapa serangga mencerna selulosa untuk hewan-hewan ini.
Beberapa bakteri juga berpartisipasi dalam siklus nitrogen, membuat fiksasi nitrogen, nitrifikasi dan denitrifikasi, hampir selalu dalam interaksi ekologi mutualisme dengan tanaman. Bakteri hadir dalam makhluk hidup, misalnya, beberapa yang hidup di dalam perut, bersaing dengan bakteri patogen lain sehingga mengendalikan populasi agen berbahaya. Ada juga bakteri yang menyebabkan penyakit dan bakteri yang digunakan dalam produksi obat-obatan.
Proliferasi berlebihan atau pemusnah massal bakteri dapat mempengaruhi seluruh ekosistem. Sebagai contoh, ketika sungai tercemar oleh bahan organik populasi bakteri aerobik meningkatkan karena bahan organik secara sederhana adalah istilah terkait dengan makanan bagi mereka; jumlah besar bakteri kemudian knalpot oksigen terlarut dalam air dan makhluk aerobik lainnya (seperti ikan) mengalami kematian massal.