Bakteri dapat diklasifikasikan menjadi:
A. Berdasarkan bentuk tubuhnya
1) Kokus (bulat)
a. Streptokokus, misalnya Streptococcus pyrogenes.
b. Stafilokokus, misalnya Staphylococcus aureus.
c. Diplokokus, misalnya Diplococcus pnemoniae.
2) Basil (batang)
a) Basilus, misalnya Eschericcia coli.
b) Streptobasil, misalnya Bacillus anthracis.
3) Vibrio (koma)
Vibrio, misalnya Vibrio cholerae.
4) Spirillum (spiral)
Spirillum, misalnya Treponema pallidum.
B. Berdasarkan kedudukan flagella pada selnya
1) Monotrik
Monotrik, berflagel satu pada salah satu ujung.
2) Amfitrik
Amfitrik, flagel masing-masing satu pada kedua ujung.
3) Lofotrik
Lofotrik, berflagel banyak di satu ujung.
4) Peritrik
Peritrik, berflagel banyak pada semua sisi tubuh.
c. Berdasarkan pewarnaan Gram (Gram strain)
1) Bakteri gram-positif
Bakteri gram-positif, dinding sel lebih sederhana, banyak mengandung peptidoglikan. Misalnya Micrococcus, Staphylococcus, Leuconostoc, Pediococcus dan Aerococcus.
2) Bakteri gram-negatif
Bakteri gram-negatif, dinding sel lebih kompleks, peptidoglikan lebih sedikit. Misalnya Escherichia, Citrobacter, Salmonella, Shigella, Enterobacter, Vibrio, Aeromonas, Photobacterium, Chromabacterium, Flavobacterium.
d. Berdasarkan kebutuhan oksigen
1) Bakteri aerob
Bakteri aerob, bakteri yang membutuhkan oksigen bebas untuk mendapatkan energi, misalnya Nitrosomonas, Nitrobacter, Nitrosococcus.
2) Bakteri anaerob
Bakteri anaerob, tidak membutuhkan oksigen bebas untuk mendapatkan energi, misalnya Micrococcus denitrificans.
e. Berdasarkan cara memperoleh makanan (bahan organik)
1) Autotrop
Autotrop, menyusun makanan sendiri dari bahan-bahan anorganik. Bakteri autotrop, berdasarkan sumber energinya dibedakan atas: fotoautotrop (sumber energi dari cahaya) dan kemoautotrop (sumber energi dari hasil reaksi kimia).
2) Heterotrop
Heterotrop, tidak menyusun makanan sendiri, memanfaatkan bahan organik jadi yang berasal dari organisme lain. Termasuk bakteri heterotrop adalah bakteri saprofit, yaitu bakteri yang mendapat makanan dengan menguraikan sisa-sisa organisme.