Secara anatomi saraf simpatis dan saraf parasimpatis dibedakan berdasarkan sebagai berikut:
1. Lokasi; saraf parasimpatis berasal dari otak dan medula spinalis bagian kraniosakral sedangkan saraf simpatis berasal dari torakolumbal medula spinalis seperti pada gambar dibawah ini.
2. Panjang neuron; Sebaliknya saraf simpatis memiliki neuron preganglion yang lebih pendek dan neuron postganglion yang lebih panjang.
Sebaliknya saraf parasimpatis memiliki neuron preganglion yang panjang dan neuron postganglion yang lebih pendek.
3. Letak ganglion; ganglion parasimpatis terletak pada organ viseral yang dipersarafi sedangkan ganglion simpatis terletak berdekatan dengan medula spinalis.