Lazimnya orang berpendapat, bahwa pada sel bakteri itu ada dinding luar, sitoplasma, dan ada bahan inti. Dinding luar terdiri dari tiga lapis, yaitu: lapisan lendir, dinding sel, dan membran sitoplasma.
Dinding sel pada bakteri sangat tipis, namun dinding inilah yang memberikan bentuk tertentu pada bakteri. Dinding ini dapat diperlihatkan dengan teknik pewarnaan tertentu, atau dengan mengusahakan terjadinya plasmolisis pada sel bakteri. Dengan mikroskop elektron dinding tersebut dapat diperlihatkan dengan jelas sekali.
Dinding Sel
Dinding sel bakteri dapat terdiri atas bermacam-macam bahan organik seperti selulosa, semiselulosa, kitin (karbohidrat yang mengandung unsur N), hal itu tergantung kepada spesies bakteri. Zat-zat itulah yang menyebabkan kebanyakan sarjana menggolongkan bakteri kedalam dunia tumbuhan. Fungsi dinding sel secara sederhana adalah istilah terkait dengan untuk memberikan bentuk tertentu pada sel, untuk memberikan perlindungan, untuk mengatur keluar masuknya zat-zat kimia dan dinding sel berperan penting dalam pembelahan sel.
Membran Sitoplasma
Membran sitoplasma (plasmolema atau lapisan hialin) secara sederhana adalah istilah terkait dengan bungkus daripada protoplasma, dan membran ini ikut menyusut bersama-sama dengan menyusutnya protoplasma pada waktu mengalami plasmolisis. Plasmolema terdiri atas protein dan lipid, mudah menghisap zat warna yang alkalis. Oleh karena itu plasmolema diperlihatkan dengan suatu teknik pewarnaan tertentu. Plasmolema juga memegang peran didalam pembelahan sel.
Lapisan Lendir
Lapisan lendir, kapsula. Kebanyak bakteri mempunyai lapisan lendir yang menyelubungi dinding sel seluruhnya. Jika lapisan ini cukup tebal, maka bungkus ini disebut kapsula. Lendir ini tidak mudah menghisap zat warna. Hanya dengan pewarnaan yang khusus, lapisan lendir ini dapat diperlihatkan.
Lapisan lendir terdiri atas karbohidrat. Pada beberapa spesies tertentu, lendir itu juga mengandung unsur N atau P. Lendir ini bukan suatu bagian integral dari sel, malainkan suatu hasil pertukaran zat. Lendir memberikan perlindungan terhadap kekeringan, seakan-akan secara sederhana adalah istilah terkait dengan suatu “benteng” untuk bertahan. Bolehlah dipastikan, bahwa kebanyakan bakteri yang mempunyai kapsula itu termasuk golongan bakteri yang ganas (virulent) sekali. Kapsula tersebut berguna untuk mengidentifikasi ciri spesiesnya.
Isi Sel
Isi sel berupa protoplasma dengan berbagai bahan lain yang terkandung didalamnya. Protoplasma disebut juga sitoplasma atau plasma sel. Protoplasma itu suatu koloid yang mengandung karbohidrat, protein, enzim-enzim, belerang, kalsium karbonat, dan volutin, yaitu suatu zat yang banyak mengandung asam ribonukleat (ARN) dan yang mudah menghisap zat warna tertentu, yaitu zat warna yang bersifat basa. Jelasnya, volutin secara sederhana adalah istilah terkait dengan ARN yang telah meresap zat warna yang cocok. Volutin inilah yang nampak sebagai titk-titik metakromatis (berwarna) yang terdapat pada basil dipteri.
Inti atau Nukleus
Sejak lama pertanyaan “apakah bakteri mempunyi inti?” secara sederhana adalah istilah terkait dengan suatu masalah bagi para sarjana. Tentang hal ini ada 4 pendapat yang berbeda-beda. Sebagian ada yang mengatakan, bahwa bakteri itu tidak mempunyai inti atau apapun yang menyerupai inti. Pendapat kedua ialah, bahwa isi sel seluruhnya, itulah inti, sedangkan protoplasmanya hanya sedikit sekali, dan secara sederhana adalah istilah terkait dengan lapisan tipis yang menyelubungi inti.
Pendapat ketiga adalah, bahwa tersebar dalam protoplasma terdapat butir-butir kromatin yang dapat dianggap inti, sedangkan pendapat keempat adalah, bahwa bakteri itu mempunyai satu atau lebih daripada satu inti. Kromatin ialah bahan inti berupa ADN dan protein yang meresap zat warna yang bersifat basa.
Penelitian-penelitian lebih lanjut menghasilkan suatu kesimpulan, bahwa bukanlah semata-mata kecilnya bahan inti saja yang menyulitkan pengamatan, akan tetapi juga zat-zat lain seperti asam nukleat yang sering menutupi adanya inti bilamana kita menggunakan suatu teknik pewarnaan. Maka untuk memperlihatkan adanya inti (ADN) itu, perlu terlebih dahulu menghilangkan asam ribonukleat dengan jalan menghidrolisiskannya dengan suatu asam, atau dengan suatu enzim ribonuklease.