Rantai polipeptida tersebut di bentuk oleh ikatan disulfida. Keempat rantai polipeptida membentuk struktur molekul simetris. Ada engsel di tengah antara rantai berat untuk memungkinkan fleksibilitas untuk protein. Ada:
Dua rantai ringan – Mengandung sekitar 220 asam amino
Dua rantai berat – Mengandung sekitar 440 asam amino.
Rantai ringan dan rantai berat
Ada dua jenis rantai ringan di antara semua kelas imunoglobulin, rantai lambda dan rantai kappa. Keduanya memiliki fungsi yang sama. Setiap jenis imunoglobulin memiliki berbagai jenis rantai berat. Tergantung pada rantai berat yang diklasifikasikan ke dalam lima kelas.
Komponen lain dari antibodi
Terlepas dari asam amino komponen antibodi juga terdapat molekul gula. Jadi antibodi secara sederhana adalah istilah terkait dengan glikoprotein dan bukan protein saja. Imunoglobulin ada sebagai monomer (misalnya hanya satu unit Ig) atau sebagai dimmer (dua molekul. Misalnya IgA) atau sebagai tetramers (empat molekul misalnya ikan teleost IgM) atau ada sebagai pentamers (lima molekul misalnya di mamalia IgM)
Fragmen Immunoglobulin
Fragmen imunoglobulin yang dihasilkan oleh pencernaan proteolitik oleh enzim secara sederhana adalah istilah terkait dengan dasar dari studi hubungan struktur/fungsi.
Fab
Ketika Ig dipecah oleh papain terjadia kerusakan di daerah sendi sebelum HH antar ikatan rantai disulfida; ini menyebabkan pembentukan dua fragmen identik yang mengandung rantai ringan dan VH (Variable rantai berat) dan CH1 (rantai berat Konstan) domain dari rantai berat. Fragmen ini kemudian disebut Fab karena mereka mengandung antigen yang mengikat situs antibodi. Setiap fragmen Fab secara sederhana adalah istilah terkait dengan monovalen.
Fc
Pencernaan dengan papain juga menyebabkan pembentukan sebuah fragmen yang berisi sisa dua rantai berat masing-masing berisi domain CH2 dan CH3. Fragmen ini mudah mengkristal.
F (ab’)2
Ketika dicerna dengan pepsin, Igs yang dibelah di rantai berat setelah ikatan disulfida antar rantai HH. Fragmen yang dihasilkan mengandung antigen situs mengikat. Fragmen ini disebut F (ab’)2 karena divalen. Ini dapat mengikat antigen tetapi tidak menyebabkan fungsi efektor.
Domain immunoglobulin
Ig monomer secara sederhana adalah istilah terkait dengan molekul berbentuk “Y”. Ia memiliki empat rantai polipeptida – dua identik ”rantai berat” dan dua identik ”rantai ringan”. Ada lima jenis Ig rantai berat pada mamalia yang dilambangkan dengan huruf Yunani: α, δ, ε, γ, dan μ. ini masing-masing secara sederhana adalah istilah terkait dengan IgA, IgD, IgE, IgG dan IgM.
Ig memiliki paratope pada akhir terminal amino dari monomer antibodi. Ini ada pada domain variabel dari rantai berat dan ringan. Domain variabel wilayah FV dan secara sederhana adalah istilah terkait dengan wilayah yang paling penting bagi mengikat antigen. Pada wilayah ini secara sederhana adalah istilah terkait dengan loop variabel β-helai. Pada rantai cahaya tiga loop – VL dan pada rantai berat yang tiga loop VH. Ini bertanggung jawab untuk mengikat antigen. Loop ini disebut sebagai saling melengkapi menentukan daerah (CDRs). CDRs ini juga disebut idiotypes.
Dasar Y memodulasi aktivitas sel kekebalan tubuh. Wilayah ini disebut ” Fc (Fragmen, dikristalisasi) wilayah ”. Di daerah ini dua rantai berat yang berkontribusi dua atau tiga domain konstan tergantung pada kelas antibodi.