Bioteknologi pertanian memberikan banyak manfaat, manfaat-manfaat itu diantaranya adalah sebagai berikut:
- Menghasilkan keturunan dengan sifat yang unggul.
- Meningkatkan pertumbuhan dan perkembangan tanaman serta melipatgandakan hasil pertanian
- Menghasilkan produk agribisnis yang berdaya saing tinggi.
- Terciptanya tanaman yang tahan dalam berbagai hama serta kondisi.
- Terciptanya tanaman yang dapat membuat pupuknya sendiri.
- Mengurangi pencemaran lingkungan serta menekan biaya produksi.
Disamping memberikan banyak manfaat, bioteknologi pertanian juga memiliki beberapa kelemahan, kelemahan-kelemahan itu diantaranya adalah:
- Terjadinya silang luar akibat adanya penyebaran pollen dari tanaman transgenik ke tanaman lain.
- Adanya efek kompensasi.
- Muncul hama target yang tahan terhadap insektisida.
- Muncunya efek samping terhadap hama nontarget.
- Biaya untuk memuatnya relatif tinggi.
- Membutuhkan teknologi yang tinggi, sehingga dalam perakitannya diperlukan orang-orang yang memiliki keahlian khusus.
