Lembaga negara yang masuk dalam lapis kedua yang disebutkan dalam UUD:
- Menteri Negara
- Tentara Nasional Indonesia
- Kepolisian Negara
- Komisi Yudisial
- Komisi Pemilihan Umum
- Bank Sentral
Selain enam lembaga yang disebutkan dalam Undang-Undang Dasar di atas, ada juga lembaga lain yang selaras dengan organisasi lapisan kedua lembaga negara yang ditetapkan oleh UU, yaitu:
- Komisi Nasional
- Komisi Pemberantasan Korupsi
- Komisi Penyiaran Indonesia
- Komisi Pengawas Persaingan Usaha
- Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi
- Konsil Kedokteran Indonesia