Yang dimaksud dengan Mikroorganisme adalah organisme berukuran mikro yang dapat diamati menggunakan mikroskop. Mikroorganisme adalah organisme mikroskopis termasuk bakteri, archaea, protozoa, ganggang, jamur, virus, dan parasit hewan multiseluler (cacing). Mereka dapat berupa uniseluler atau multiseluler dan prokariota atau eukariota.
Juga, mereka hidup di berbagai jenis habitat. Dari mikroorganisme ini, archaea adalah prokariota, terutama yang hidup di lingkungan yang ekstrim; beberapa di antaranya termasuk metanogen, halofil, termofil, psikofil, dll. Tetapi, protozoa adalah eukariota uniseluler yang memperoleh nutrisi melalui konsumsi. Dinding sel mereka terbuat dari selulosa. Juga, beberapa protozoa termasuk flagellate, ciliate, amoeboids, sporozoans, dll.
Di sisi lain, jamur eukariota multiseluler atau uniseluler yang dinding selnya terbuat dari kitin. Mereka penting sebagai pengurai, simbion, dan parasit. Alga adalah eukariota mirip uniseluler atau multiseluler yang hidup di lingkungan perairan. Mereka juga mampu menjalani fotosintesis. Padahal, cacing adalah parasit hewan multiseluler, termasuk cacing gelang dan cacing pipih. Meskipun tahap dewasa mereka makroskopis, tahap larva mikroskopis. Biasanya, mereka parasit pada organisme tingkat tinggi. Lebih lanjut, virus adalah partikel tidak hidup yang membutuhkan sel inang untuk replikasi mereka. Karena itu, mereka berbahaya bagi prokariota dan eukariota.