Perbedaan utama antara pirimidin dalam DNA (asam deoksiribonukleat) dan RNA (asam ribonukleat) terletak pada satu jenis basa nitrogen yang digunakan.
Dalam DNA, pirimidin terdiri dari dua jenis basa nitrogen, yaitu sitosin (C) dan timin (T). Sitosin berikatan dengan basa purin guanin (G), sedangkan timin berikatan dengan basa adenin (A) dalam DNA. Kombinasi pasangan basa ini membentuk ikatan hidrogen yang stabil antara dua untai DNA yang saling berkomplementer. Pasangan basa C-G memiliki tiga ikatan hidrogen, sedangkan pasangan basa A-T memiliki dua ikatan hidrogen.
Sementara itu, dalam RNA, pirimidin juga terdiri dari sitosin (C), tetapi timin (T) digantikan oleh urasil (U). Urasil berikatan dengan adenin (A) dalam RNA. Pasangan basa C-G dalam RNA juga memiliki tiga ikatan hidrogen, sedangkan pasangan basa A-U memiliki dua ikatan hidrogen.
Perbedaan ini penting karena saat sintesis protein, RNA ditranskripsi dari untai DNA. Timin yang terdapat dalam DNA digantikan oleh urasil dalam RNA. Oleh karena itu, urasil tidak ditemukan dalam DNA, dan timin tidak ditemukan dalam RNA.
Perbedaan lain yang perlu dicatat adalah bahwa DNA biasanya terdiri dari dua untai yang saling berkomplementer yang membentuk struktur rangkap ganda yang stabil. Sedangkan RNA biasanya terdiri dari satu untai tunggal yang membentuk struktur heliks tunggal.
Perbedaan ini dalam komposisi basa nitrogen antara pirimidin dalam DNA dan RNA penting untuk pemahaman tentang proses replikasi DNA, transkripsi, dan translasi yang terjadi dalam sel dan peran masing-masing molekul dalam penyimpanan, pengkodean, dan transmisi informasi genetik.