Enzim pencernaan membantu dalam mencerna bahan makanan yang kompleks menjadi molekul yang lebih sederhana untuk diserap oleh tubuh. Selama pencernaan makanan, berbagai bagian saluran pencernaan menghasilkan enzim pencernaan berbeda yang membantu pencernaan berbagai komponen makanan.
Misalnya, air liur menghasilkan amilase saliva yang mencerna pati. Lambung mengandung kelenjar lambung yang menghasilkan pepsin yang membantu pencernaan protein. Selain itu enzim lain seperti tripsin, kimotripsin juga membantu dalam pencernaan protein.