Penyebab hilangnya spesies endemik sangat kompleks dan beragam, dan di antaranya adalah:
- Modifikasi habitat, degradasi dan hilangnya habitat akibat kolonisasi dan pembukaan kawasan hutan untuk pemukiman atau perluasan pertanian komersial, kebakaran, tekanan manusia dan hewan, dll.
- Eksploitasi berlebihan, terutama untuk tujuan komersial (dan seringkali ilegal) seperti daging, bulu, kulit, organ, obat-obatan, dll.
- Introduksi spesies eksotik secara tidak sengaja atau disengaja yang dapat mengancam flora dan fauna asli secara langsung melalui predasi atau kompetisi.
- Pencemaran (udara dan air) menggarisbawahi ekosistem, salah urus limbah dan pertanian mengancam sistem ekosistem darat dan perairan.
- Peningkatan suhu permukaan global dari 2°C menjadi 6°C (pemanasan global).
- Kemungkinan alasan lain hilangnya spesies secara sederhana adalah istilah terkait dengan penggunaan bahan kimia pertanian dan pestisida yang buruk, populasi manusia yang berkembang pesat, distribusi lahan yang tidak adil, kebijakan dan kendala ekonomi dan politik.