Berdasarkan bentuk morfologinya, maka bakteri dapat dibagi kedalam tiga golongan, yaitu golongan basil, golongan kokus, dan golongan spiril.
Golongan Basil (bacillus)
Golongan bakteri basil berbetuk serupa tongkat pendek, silindris. Sebagian bakteri berupa basil. Basil dapat bergandeng-gandengan panjang, bergandengan dua-dua, atau terlepas satu sama lain. Yang bergandeng-gandengan panjang disebut streptobasil, yang dua-dua disebut diplobasil,. Ujung-ujung basil yang terlepas satu sama lain itu tumpul, sedangkan ujung-ujung yang masih bergandengan tajam.
Golongan Kokus (Coccus)
Adalah golongan bakteri yang bentuknya serupa boa-bola kecil. Golongan ini tidak sebanyak golongan basil. Kokus ada yang bergandeng-gandengan panjang serupa tali leher, ini disebut streptokokus; ada yang bergandengan dua-dua. Ini disebut diplokokus; ada yang mengelompok berempat, ini disebut tetrakokus; kokus yang mengelompok secara sederhana adalah istilah terkait dengan suatu untaian disebut stafilokokus, sedangkan kokus yang mengelompok serupa kubus disebut sarsina.
Golongan Spiril (Spirillum)
Ialah bakteri yang bengkok atau berbengkok-bengkok serupa spiral. Bakteri yang berbentuk spiral tidak banyak terdapat. Golongan ini secara sederhana adalah istilah terkait dengan golongan bakteri yang paling kecil, jika dibandingkan dengan golongan kokus maupun golongan basil.
Ukuran Bakteri
Pada umumnya bakteri itu kecil sekali, sehingga kita memerlukan mikroskop untuk dapat mengamatinya, ada juga bakteri yang agak besar yang dapat kita lihat dengan mata telanjang. Akan tetapi untuk mengamati sifat morfologinya yang lebih teliti kita perlu mengunakan mikroskop.
Kokus ada yang berdiameter 0,5 mm, ada pula yang diameternya sampai 2,5 mm. Basil ada yang lebarnya antara 0,2 mm sampai 2,0 mm, sedangkan panjangnya antara 1 sampai 15 mm. Ukuran-ukuran yang menyimpang dari ketentuan ini banyak pula. Seperti yang telah disebutkan diatas, maka pengukuran besar kecilnya bakteri perlu didasarkan oleh standart yang sama. Pada umumya bakteri yang umurnya 2 sampai 6 jam itu ternyata lebih besar dari pada bakteri yang umurnya lebih dari 24 jam.